パーマリンク設定で「カスタム構造」にチェックを入れて保存をしても「基本」にチェックが戻ってしまいます

構造タグの入力に誤りがある可能性が考えられます。

カスタム構造部分に入力する欄があると思いますが、
そこに下記のような構造タグを入力されているかご確認ください。

カスタム構造の入力ボックスにチェックし、
入力する欄に上記の構造タグをコピーペーストし、保存をしてください。